Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de Miembros de la Familia de Genes en Paspalum de Playa Bajo Estrés Salino
Autores: Wu, Xuanyang; Hu, Xiaochen; Bao, Qinyan; Sun, Qi; Yu, Pan; Qi, Junxiang; Zhang, Zixuan; Luo, Chunrong; Wang, Yuzhu; Lu, Wenjie; Wu, Xueli
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de Miembros de la Familia de Genes en Paspalum de Playa Bajo Estrés Salino
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Familia de genes
Paspalum de playa
Tolerancia a la sal
árbol filogenético
Redes de interacción proteína-proteína
Estrés salino
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La familia de genes juega un papel crucial en el crecimiento, desarrollo y respuestas a estrés biótico y abiótico de las plantas. Paspalum vaginatum, un césped de temporada cálida con una excepcional tolerancia a la sal, puede ser irrigado con agua de mar. Sin embargo, la familia de genes en paspalum de playa sigue siendo poco comprendida. En este estudio, se realizó un análisis de detección e identificación a nivel genómico basado en el modelo oculto de Markov del dominio en paspalum de playa, lo que resultó en la identificación de 168 genes. Se construyó un árbol filogenético y los genes se clasificaron en 18 grupos según su estructura topológica. Se analizaron las propiedades fisicoquímicas de las proteínas de la familia de genes, sus motivos conservados y dominios estructurales, elementos cis-actuantes, análisis de colinealidad intraespecífica, análisis de anotación GO y redes de interacción proteína-proteína. Los resultados indicaron que la mayoría de las proteínas PvNAC son hidrofílicas y se localizan predominantemente en el núcleo. Las regiones promotoras están principalmente enriquecidas con elementos responsivos a la luz, motivos y otros. El análisis de colinealidad intraespecífica sugiere que puede haber experimentado un evento de duplicación génica a gran escala. La anotación GO indicó que los genes eran esenciales para la regulación transcripcional, el desarrollo de órganos y las respuestas a estímulos ambientales. Además, la red de interacción de proteínas predijo que interactúa con proteínas como y para formar un importante centro regulador. El análisis transcriptómico investiga los patrones de expresión de los genes en hojas y raíces bajo diferentes duraciones de estrés salino. Se examinaron los niveles de expresión de 8 en raíces y hojas bajo estrés salino y aumentaron en diferentes grados bajo estrés salino. Los resultados de qRT-PCR demostraron que los niveles de expresión de los genes seleccionados eran consistentes con las tendencias de valores FPKM observadas en los datos de RNA-seq. Este estudio estableció una base teórica para comprender las funciones moleculares y los mecanismos regulatorios de la familia de genes en paspalum de playa bajo estrés salino.
Descripción
La familia de genes juega un papel crucial en el crecimiento, desarrollo y respuestas a estrés biótico y abiótico de las plantas. Paspalum vaginatum, un césped de temporada cálida con una excepcional tolerancia a la sal, puede ser irrigado con agua de mar. Sin embargo, la familia de genes en paspalum de playa sigue siendo poco comprendida. En este estudio, se realizó un análisis de detección e identificación a nivel genómico basado en el modelo oculto de Markov del dominio en paspalum de playa, lo que resultó en la identificación de 168 genes. Se construyó un árbol filogenético y los genes se clasificaron en 18 grupos según su estructura topológica. Se analizaron las propiedades fisicoquímicas de las proteínas de la familia de genes, sus motivos conservados y dominios estructurales, elementos cis-actuantes, análisis de colinealidad intraespecífica, análisis de anotación GO y redes de interacción proteína-proteína. Los resultados indicaron que la mayoría de las proteínas PvNAC son hidrofílicas y se localizan predominantemente en el núcleo. Las regiones promotoras están principalmente enriquecidas con elementos responsivos a la luz, motivos y otros. El análisis de colinealidad intraespecífica sugiere que puede haber experimentado un evento de duplicación génica a gran escala. La anotación GO indicó que los genes eran esenciales para la regulación transcripcional, el desarrollo de órganos y las respuestas a estímulos ambientales. Además, la red de interacción de proteínas predijo que interactúa con proteínas como y para formar un importante centro regulador. El análisis transcriptómico investiga los patrones de expresión de los genes en hojas y raíces bajo diferentes duraciones de estrés salino. Se examinaron los niveles de expresión de 8 en raíces y hojas bajo estrés salino y aumentaron en diferentes grados bajo estrés salino. Los resultados de qRT-PCR demostraron que los niveles de expresión de los genes seleccionados eran consistentes con las tendencias de valores FPKM observadas en los datos de RNA-seq. Este estudio estableció una base teórica para comprender las funciones moleculares y los mecanismos regulatorios de la familia de genes en paspalum de playa bajo estrés salino.