La metilación del ADN es una modificación epigenética que desempeña un papel crucial en la regulación de la expresión génica, la defensa del genoma y numerosos procesos biológicos. La metiltransferasa de ADN (MTasa) es la enzima clave que cataliza la reacción de metilación del ADN. Para explorar el mecanismo de regulación de la metilación del ADN en los árboles de caucho, identificamos 13 genes de MTasa a nivel genómico que contienen dominios estructurales conservados de metiltransferasa de ADN basados en el genoma de referencia del árbol de caucho. A través de un análisis filogenético, estos genes se clasificaron en cuatro subfamilias: MET1, CMT, DRM y DNMT2. Se encontró una expansión significativa de los genes de metiltransferasa de ADN en los árboles de caucho, especialmente en la subfamilia DRM. Notablemente, entre los cuatro miembros de la subfamilia MET1, solo HbMET1-1 contiene los dominios UBA y RFD completos, lo que sugiere su papel crítico en la función de MET1 en las plantas, mientras que los otros miembros pueden haber desarrollado diferentes funciones durante la evolución. El análisis del patrón de expresión génica reveló que la mayoría de las metiltransferasas de ADN se expresaron específicamente a niveles bajos en el látex. Sin embargo, tras el taponado de árboles de caucho no cosechados, los niveles de expresión de los genes HbMTasa se alteran, y estas alteraciones exhiben variabilidad. Entre ellos, HbMET1-1 y HbDRM2-1 mostraron una respuesta al estrés del taponado, con sus niveles de expresión aumentando rápidamente después de la aplicación del estrés y disminuyendo gradualmente después. Los niveles de expresión de HbCMT3-1 y HbCMT3-2 continuaron aumentando a medida que avanzaba el proceso de taponado de caucho, lo que fue consistente con los cambios observados en la actividad enzimática de HbMTasa. Estos hallazgos sugieren que el taponado, como una forma de estrés mecánico, afecta la expresión de genes particulares. A través del análisis de localización subcelular, encontramos que HbDNMT2 es la única metiltransferasa de ADN ubicada en el citoplasma, cuyo nivel de expresión disminuye gradualmente durante el proceso de taponado de caucho. Se hipotetiza que este gen activa una multitud de genes involucrados en la vía de biosíntesis del caucho y participa activamente en la biosíntesis del caucho. En conclusión, el análisis integral de la caracterización estructural, el análisis de dominios conservados, los elementos reguladores cis, la localización subcelular, el perfil de expresión y la detección de actividad enzimática de HbMTasa proporciona información crítica sobre las características funcionales de las metiltransferasas de ADN en los árboles de caucho y revela inicialmente la respuesta de metilación del ADN en el taponado del árbol de caucho.