El fósforo, como un nutriente esencial, desempeña un papel importante en el crecimiento y desarrollo de las plantas. Aunque la Respuesta a la Deficiencia de Fosfato 1 (PHR1) o PHR1-like han sido reconocidos como reguladores centrales de la homeostasis del fósforo (Pi) en varias plantas, no se han estudiado sistemáticamente en Cucurbitáceas. En este estudio, se identificaron 11, 10, 8, 12, 12 y 22 genes en pepino, melón, calabaza de botella, sandía, calabaza de cera y calabaza, respectivamente, mediante un análisis genómico a gran escala. El análisis filogenético mostró que los genes de Cucurbitáceas se dividieron en siete subfamilias distintas. Estos genes fueron analizados filogenéticamente para su localización cromosómica, estructura génica, estructura proteica y sintecnia. El análisis de homología genómica mostró que muchos genes existían en los bloques de homología correspondientes de seis especies de Cucurbitáceas. El análisis de qRT-PCR mostró que los genes exhibieron expresión diferencial bajo diferentes concentraciones de tratamiento con fosfato. Los ensayos de autoactivación transcripcional mostraron que las proteínas CmoPHR2, CmoPHR9, CmoPHR16 y CmoPHR17 tenían actividad de autoactivación transcripcional. Los resultados de este estudio proporcionan una base para el posterior clonaje y validación funcional de genes relacionados con la red reguladora de fosfato en calabaza.