Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de Miembros de la Familia de Proteínas de Unión a ARN que Contienen el Dominio de Homología YT521-B en
Autores: Wang, Han; Zhang, Jingjing; Yao, Sheng; Cheng, Xiang; Ji, Kongshu; Yu, Qiong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de Miembros de la Familia de Proteínas de Unión a ARN que Contienen el Dominio de Homología YT521-B en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Metilación
Proteína de unión a ARN que contiene dominio YTH
Familia de genes
Subgrupos
Localización subcelular
Patrones de expresión
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
El -metiladenosina (mA) es una modificación post-transcripcional ampliamente extendida del ARN en eucariotas. Se ha informado ampliamente que la proteína de unión al ARN que contiene el dominio YTH conservado actúa como un lector típico de mA en varias especies. Sin embargo, no se han reportado estudios sobre los lectores de mA en (). En este estudio, se realizó un análisis sistemático de la familia de genes de lectores de mA (YTH) en , identificando 10 genes en su genoma. El análisis filogenético de las secuencias codificadoras de proteínas reveló que los genes de podrían clasificarse en dos subgrupos: y en y en , cada uno con motivos y estructuras de genes similares. En , el bolsillo aromático predicho de los dominios YTH en la familia de genes está compuesto uniformemente por residuos de triptófano (WWW). Los experimentos de localización subcelular verificaron que efectivamente se localiza en el núcleo, mientras que se localiza tanto en el núcleo como en el citoplasma. Los patrones de expresión de los genes lectores de mA identificados mostraron una amplia distribución, pero fueron específicos de tejido. La mayoría de los genes se expresaron en alta cantidad en las hojas, seguidas del tallo, mientras que la tendencia de expresión más baja se encontró en las raíces. El análisis de elementos cis-reguladores predijo las posibles funciones de los genes en , que eran principalmente responsivos a hormonas vegetales como ABA y MeJA, así como a respuestas al estrés. Además, los niveles de expresión de los genes efectivamente cambiaron significativamente después de los tratamientos con ABA, MeJA y NaCl, sugiriendo que pueden verse afectados por estos factores abióticos. Además, los resultados de predicción de PLAAC indican que existen dominios priónicos en , , , , , , , y , y que la separación de fases es posible. Este estudio proporciona una base para una investigación más profunda sobre los efectos de la metilación de mA en la regulación de la expresión génica en y otros árboles forestales.
Descripción
El -metiladenosina (mA) es una modificación post-transcripcional ampliamente extendida del ARN en eucariotas. Se ha informado ampliamente que la proteína de unión al ARN que contiene el dominio YTH conservado actúa como un lector típico de mA en varias especies. Sin embargo, no se han reportado estudios sobre los lectores de mA en (). En este estudio, se realizó un análisis sistemático de la familia de genes de lectores de mA (YTH) en , identificando 10 genes en su genoma. El análisis filogenético de las secuencias codificadoras de proteínas reveló que los genes de podrían clasificarse en dos subgrupos: y en y en , cada uno con motivos y estructuras de genes similares. En , el bolsillo aromático predicho de los dominios YTH en la familia de genes está compuesto uniformemente por residuos de triptófano (WWW). Los experimentos de localización subcelular verificaron que efectivamente se localiza en el núcleo, mientras que se localiza tanto en el núcleo como en el citoplasma. Los patrones de expresión de los genes lectores de mA identificados mostraron una amplia distribución, pero fueron específicos de tejido. La mayoría de los genes se expresaron en alta cantidad en las hojas, seguidas del tallo, mientras que la tendencia de expresión más baja se encontró en las raíces. El análisis de elementos cis-reguladores predijo las posibles funciones de los genes en , que eran principalmente responsivos a hormonas vegetales como ABA y MeJA, así como a respuestas al estrés. Además, los niveles de expresión de los genes efectivamente cambiaron significativamente después de los tratamientos con ABA, MeJA y NaCl, sugiriendo que pueden verse afectados por estos factores abióticos. Además, los resultados de predicción de PLAAC indican que existen dominios priónicos en , , , , , , , y , y que la separación de fases es posible. Este estudio proporciona una base para una investigación más profunda sobre los efectos de la metilación de mA en la regulación de la expresión génica en y otros árboles forestales.