Identificación a nivel del genoma, análisis in silico y perfil de expresión de la familia de genes SWEET en níspero (Lindl.)
Autores: Li, Binqi; Ali, Muhammad Moaaz; Guo, Tianxin; Alam, Shariq Mahmood; Gull, Shaista; Iftikhar, Junaid; Yousef, Ahmed Fathy; Mosa, Walid F. A.; Chen, Faxing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Identificación a nivel del genoma, análisis in silico y perfil de expresión de la familia de genes SWEET en níspero (Lindl.)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas Generales
Palabras clave
Azúcares
Transportadores
Genes
Análisis
Expresión
Planta
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 32
Citaciones: Sin citaciones
Los SWEETs (transportadores eventualmente exportadores de azúcares) tienen diversos roles fisiológicos y bioquímicos en el crecimiento de las plantas, incluido el desarrollo del polen, la nutrición de las semillas, la secreción de néctar y el transporte de azúcares a larga distancia. Los genes fueron identificados en varias especies de plantas, pero aún no han sido completamente caracterizados. Aquí, descubrimos 21 genes putativos del genoma de Lindl. Para una mayor elucidación, se utilizó un análisis bioinformático exhaustivo para determinar las propiedades fisicoquímicas, la organización génica, los motivos conservados, los elementos regulatorios, la duplicación génica y las relaciones filogenéticas de los genes. La mayoría de las proteínas SWEET se predijeron estar ubicadas en la membrana plasmática o en el vacuolo. El análisis de la organización génica y de motivos mostró que el número de exones y motivos en cada gen variaba notablemente, entre 5 y 6 y entre 5 y 8, respectivamente. El análisis de sintenia mostró que la duplicación en tándem o segmentaria jugó un papel dinámico en la evolución de los genes en el níspero. Asimismo, analizamos los patrones de expresión de genes en la raíz, tallo, hoja, flor y fruto del níspero. Algunos genes mostraron una expresión variable en los tejidos del níspero, lo que indica sus posibles roles en el desarrollo de las plantas. Los niveles de expresión relativos de X, Y y Z fueron notablemente más altos en los frutos maduros, lo que sugiere su posible papel en el transporte y descarga de azúcares en los frutos. El presente estudio proporciona una identificación y caracterización inicial a nivel genómico de la familia de genes en el níspero y sienta las bases para su posterior análisis funcional.
Descripción
Los SWEETs (transportadores eventualmente exportadores de azúcares) tienen diversos roles fisiológicos y bioquímicos en el crecimiento de las plantas, incluido el desarrollo del polen, la nutrición de las semillas, la secreción de néctar y el transporte de azúcares a larga distancia. Los genes fueron identificados en varias especies de plantas, pero aún no han sido completamente caracterizados. Aquí, descubrimos 21 genes putativos del genoma de Lindl. Para una mayor elucidación, se utilizó un análisis bioinformático exhaustivo para determinar las propiedades fisicoquímicas, la organización génica, los motivos conservados, los elementos regulatorios, la duplicación génica y las relaciones filogenéticas de los genes. La mayoría de las proteínas SWEET se predijeron estar ubicadas en la membrana plasmática o en el vacuolo. El análisis de la organización génica y de motivos mostró que el número de exones y motivos en cada gen variaba notablemente, entre 5 y 6 y entre 5 y 8, respectivamente. El análisis de sintenia mostró que la duplicación en tándem o segmentaria jugó un papel dinámico en la evolución de los genes en el níspero. Asimismo, analizamos los patrones de expresión de genes en la raíz, tallo, hoja, flor y fruto del níspero. Algunos genes mostraron una expresión variable en los tejidos del níspero, lo que indica sus posibles roles en el desarrollo de las plantas. Los niveles de expresión relativos de X, Y y Z fueron notablemente más altos en los frutos maduros, lo que sugiere su posible papel en el transporte y descarga de azúcares en los frutos. El presente estudio proporciona una identificación y caracterización inicial a nivel genómico de la familia de genes en el níspero y sienta las bases para su posterior análisis funcional.