La enfermedad de la pudrición roja de la corona (RCR) causada por impacta negativamente en el rendimiento y la calidad de la soja. Desafortunadamente, el conocimiento sobre la arquitectura genética de la resistencia a la RCR en la soja es limitado. En este estudio, se utilizaron 299 accesiones diversas de soja para explorar su diversidad genética y resistencia a la RCR, y para buscar genes candidatos a través de la tasa de emergencia (ER), la tasa de supervivencia (SR) y la severidad de la enfermedad (DS) mediante un modelo lineal mixto de efectos aleatorios de SNP de múltiples loci de GWAS. Todas las accesiones presentaron lesiones necróticas marrones en la raíz primaria, identificándose cinco genotipos como resistentes. Se detectaron nueve marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) que subyacen a la respuesta a la RCR (ER, SR y DS). Dos SNPs se colocalizaron con al menos dos rasgos para formar un bloque de haplotipos que poseía nueve genes. Basado en su anotación y el qRT-PCR, se sugiere que tres genes, a saber, , y modulan la resistencia de la soja a la RCR. Los hallazgos de este estudio podrían servir como base para la cría de variedades de soja tolerantes a la RCR, y los genes candidatos podrían ser validados para profundizar nuestra comprensión de la respuesta de la soja a la RCR.