El arroz es un alimento básico para más de la mitad de la población mundial debido a su seguridad alimentaria y desarrollo sostenible. Las malas hierbas compiten con los cultivos por la luz solar y nutrientes indispensables, afectando el rendimiento y la calidad de los cultivos. Se espera que la cría de variedades de arroz tolerantes a herbicidas, junto con la aplicación de herbicidas, ayude en el control de malas hierbas. En este estudio, se examinaron 194 variedades o líneas de arroz recolectadas de la región de Huanghuaihai en China mediante marcadores de PCR específica de alelos competitivos (KASP) basados en cuatro sitios de mutación dentro de (), que es el objetivo de los herbicidas imidazolinona (IMI). Solo se identificó el haplotipo en 18 variedades, incluyendo la previamente reportada Jingeng818 (JG818), y su resistencia a herbicidas fue validada mediante tratamiento con tres IMIs. Para investigar el origen del haplotipo en las variedades identificadas, se desarrollaron seis marcadores PCR codominantes estrechamente vinculados con. El análisis de PCR reveló que las otras 17 variedades tolerantes a IMI se derivaron de JG818. Seleccionamos aleatoriamente tres variedades tolerantes a IMI para la resecuenciación comparativa de todo el genoma con variedades parentales receptoras conocidas. La alineación de secuencias reveló que se han introducido más loci de JG818 en las variedades tolerantes a IMI. Sin embargo, las tres variedades tolerantes a IMI portaban sitios de polimorfismo de nucleótido único (SNP) de tercer tipo agrupados de padres desconocidos, lo que indica que estas variedades no se derivaron directamente de JG818, mientras que aquellas de diferentes líneas mejoradas intermedias fueron cruzadas con JG818. En general, encontramos que solo de JG818 se ha introducido ampliamente en la región de Huanghuaihai en China. Además, las 17 variedades tolerantes a IMI identificadas ofrecen oportunidades alternativas para mejorar tales variedades junto con otros buenos rasgos.