La producción de trigo común se ve significativamente influenciada por estrés abiótico. Identificar los loci genéticos para los rasgos de raíces de plántulas y desarrollar los marcadores moleculares disponibles son cruciales para la cría de variedades de alto rendimiento y estables. En este estudio, se midieron cinco rasgos de raíces de plántulas de trigo, incluyendo la longitud de la raíz (RL), el área superficial de la raíz (RA), el volumen de la raíz (RV), el número de puntas de raíz (RT) y el peso seco de la raíz (RW), en la población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) Wp-072/Wp-119. Se realizó la genotipificación para la población RIL y sus padres utilizando el chip de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) de trigo 90K. En total, se identificaron tres loci de rasgos cuantitativos (QTL) para RL, dos QTL para RA, un locus para RV, dos loci para RW y dos loci para RT, cada uno explicando entre el 4.5% y el 8.4% de las varianzas fenotípicas, respectivamente. Entre estos, algunos se superpusieron con informes anteriores, mientras que los otros siete QTL eran novedosos. Los alelos favorables fueron aportados por Wp-072, mientras que los otros dos loci se originaron de Wp-119. Además, se desarrollaron y validaron con éxito cinco marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP) para RL, RA y RW en 149 accesiones de trigo. Además, se seleccionaron y validaron siete genes candidatos principalmente para hormonas vegetales mediante PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR). Este estudio proporciona nuevos loci, nuevos genes candidatos, marcadores KASP disponibles y variedades para optimizar la arquitectura del sistema radicular del trigo.