La depredación del ganado induce un conflicto global entre humanos y vida silvestre, provocando el asesinato en represalia de grandes carnívoros. Aunque los perros domésticos contribuyen a la depredación del ganado, la culpa recae principalmente en los depredadores salvajes. Los perros también pueden transmitir patógenos entre la vida silvestre, los animales domésticos y los humanos. Por lo tanto, la presencia de perros callejeros puede tener consecuencias negativas para la conservación de la biodiversidad, la economía de los pequeños agricultores, el suministro de alimentos y la salud pública, cuatro de los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) de las Naciones Unidas para 2030. En Ecuador, donde la ganadería sostiene a los hogares rurales, la caza furtiva en represalia amenaza a las poblaciones de oso andino, jaguar y puma. Sin embargo, el papel de los perros en estos incidentes sigue siendo poco explorado. El presente estudio evalúa la posibilidad de identificación molecular confiable de especies depredadoras a partir de trazas de ADN en heridas de mordedura. Nuestros resultados revelaron la presencia de saliva de perro en cuatro de seis cadáveres de ganado presumiblemente atacados por depredadores salvajes. Estos hallazgos destacan la importancia de rectificar la desinformación sobre los grandes carnívoros en Ecuador y la necesidad de controlar las poblaciones de perros. Recomendamos que las administraciones locales incorporen el análisis de ADN en los eventos de depredación del ganado para examinar cuán común es el problema y utilizar el análisis para desarrollar estrategias de mitigación de conflictos que son esenciales para la conservación de los grandes carnívoros.