El sistema de producción de arroz en Japón está cambiando debido al envejecimiento de los agricultores de arroz, la escasez de mano de obra, la mecanización y el aumento de los campos de arroz a gran escala y la mayor aplicación de siembra directa, todo lo cual contribuye a la falta de prácticas sofisticadas de manejo de malezas. Dado que el sistema de producción cambiante no ha mejorado y probablemente ha empeorado las prácticas de manejo de malezas, el arroz silvestre (L.) se ha convertido en una seria amenaza para la producción de arroz en Japón. Analizamos accesiones de arroz silvestre de Nagano, la parte central de Japón, y otras accesiones de arroz para dilucidar el origen de este arroz silvestre utilizando un conjunto de polimorfismos de nucleótido único (SNP) de genoma completo. Para desarrollar prácticas sostenibles de manejo de arroz silvestre, la dilucidación del origen del arroz silvestre que vuelve a emerger es crucial. El análisis genético de la población indicó que el arroz silvestre en Nagano era filogenéticamente independiente del cultivar local de arroz rojo con baja diversidad genética. Las ecotipos de arroz silvestre pasados y recientemente reemergentes en Nagano compartían un trasfondo genético similar, lo que implica la evolución del arroz silvestre por una severa selección natural. El análisis basado en ventanas y el barrido de selección revelaron la divergencia de algunos de los conocidos genes clave relacionados con la domesticación, como el gen de la dispersión de semillas, de arroz silvestre con respecto a los cultivares de arroz domesticados.