La identificación del gen objetivo y la proteína interactuante de dos variantes de empalme alternativo proporciona nuevas perspectivas sobre la embriogénesis somática del alerce
Autores: Zang, Qiao-Lu; Ye, Zha-Long; Qi, Li-Wang; Li, Wan-Feng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
La identificación del gen objetivo y la proteína interactuante de dos variantes de empalme alternativo proporciona nuevas perspectivas sobre la embriogénesis somática del alerce
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Embriogénesis somática
MicroARN171
Mejora genética
RNA-Seq
Genes objetivo
Factor de transcripción
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La embriogénesis somática es valiosa para la propagación clonal y la mejora genética, y también sirve como un sistema ideal para estudiar los mecanismos de desarrollo de las plantas. En , microARN171 y su gen objetivo (), que tiene dos variantes de empalme alternativo, pueden regular la embriogénesis somática; sin embargo, el mecanismo molecular subyacente aún se desconoce. En este estudio, sobreexpresamos estas dos variantes en y y luego utilizamos el método de RNA-Seq para seleccionar genes de y , cuyos patrones de expresión están relacionados con los de las variantes. Los genes seleccionados se utilizaron para buscar proteínas y identificar los genes objetivo candidatos de . Después de ensayos de actividad transcripcional de levadura de un solo híbrido y de luciferasa dual, se confirmó que , , , () y () son los genes objetivo de ; además, y () se confirmaron como los genes objetivo de LaSCL6-var2. Además, se demostró que la proteína similar a APETALA2, un factor de transcripción de la familia AP2/ERF, interactúa con LaSCL6-var1 y LaSCL6-var2. En conjunto, nuestros resultados sugieren una red reguladora de miR171-. Los hallazgos presentados aquí no solo proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación del módulo miR171-, sino que también explican el mecanismo subyacente a la embriogénesis somática de la alerce y otros procesos biológicos.
Descripción
La embriogénesis somática es valiosa para la propagación clonal y la mejora genética, y también sirve como un sistema ideal para estudiar los mecanismos de desarrollo de las plantas. En , microARN171 y su gen objetivo (), que tiene dos variantes de empalme alternativo, pueden regular la embriogénesis somática; sin embargo, el mecanismo molecular subyacente aún se desconoce. En este estudio, sobreexpresamos estas dos variantes en y y luego utilizamos el método de RNA-Seq para seleccionar genes de y , cuyos patrones de expresión están relacionados con los de las variantes. Los genes seleccionados se utilizaron para buscar proteínas y identificar los genes objetivo candidatos de . Después de ensayos de actividad transcripcional de levadura de un solo híbrido y de luciferasa dual, se confirmó que , , , () y () son los genes objetivo de ; además, y () se confirmaron como los genes objetivo de LaSCL6-var2. Además, se demostró que la proteína similar a APETALA2, un factor de transcripción de la familia AP2/ERF, interactúa con LaSCL6-var1 y LaSCL6-var2. En conjunto, nuestros resultados sugieren una red reguladora de miR171-. Los hallazgos presentados aquí no solo proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación del módulo miR171-, sino que también explican el mecanismo subyacente a la embriogénesis somática de la alerce y otros procesos biológicos.