Las quinas de proteínas dependientes de calcio (CDPK) son conocidas por mediar el crecimiento y desarrollo de las plantas y responder a varios cambios ambientales. Aquí, realizamos una identificación de todo el genoma de las familias de CDPK en mei cultivada y silvestre. Identificamos 14 y 17 genes de CDPK en los genomas de y var. Tortuosa, respectivamente. Todas las 270 proteínas CPDK se clasificaron en cuatro clados, mostrando frecuentes homologías entre estos dos genomas y los de otras especies de Rosaceae. La estructura de exones/intrones, los motivos y los bloques de sintenia se conservaron entre y var. Tortuosa. La red de interacción reveló que todas las proteínas PmCDPK y PmvCDPK interactuaron con homólogos de oxidasa de estallido respiratorio (RBOHs) y quinasas activadas por mitógenos (MAPK). El análisis de datos de RNA-seq de experimentos de frío muestra que los elementos cis-actuantes en los genes, especialmente, están asociados con la resistencia al frío. Nuestros resultados proporcionan una amplia visión sobre las familias de genes CDPK en mei y su papel en la modulación de la respuesta al estrés por frío en las plantas.