El virus del síndrome de la mancha blanca (WSSV) representa una amenaza significativa para la industria global del camarón. Investigamos la presencia de WSSV en camarones congelados (n = 86) y mariscos (n = 185) del mercado coreano (2010-2018). La tasa de detección de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en camarones nacionales fue del 36.8% (7/19), mientras que en camarones importados fue del 0.01% (1/67). Además, el genoma de WSSV fue amplificado de moluscos bivalvos nacionales mediante PCR de primer y segundo paso con precisiones del 3.4% (5/147) y 15.6% (23/147), respectivamente. La relación genética de las regiones InDel-II entre los WSSV detectados en grupos de camarones nacionales reveló cuatro variantes (777, 5649, 11,070 y 13,046 bp de inserción o eliminación), y los grupos de camarones importados tenían cuatro variantes (10,778, 11,086, 11,500 y 13,210 bp) en comparación con la cepa ancestral putativa de WSSV. La variante de 5649 bp fue el tipo dominante entre las variantes de WSSV detectadas en camarones nacionales (54.5%, 6/11). Notablemente, los moluscos bivalvos exhibieron seis variantes (777, 5649, 5783, 5876, 11,070 y 13,046 bp), incluyendo cuatro variantes detectadas en camarones, lo que indica que los moluscos bivalvos podrían facilitar el seguimiento de WSSV. En una prueba de desafío, los camarones de patas blancas mostraron tasas de mortalidad variables, indicando un vínculo entre la eliminación de InDel-II y la replicación viral. Estos hallazgos destacan la complejidad de la transmisión de WSSV.