Muchos de los rasgos importantes del ganado son rasgos complejos o cuantitativos controlados por miles de variantes en la secuencia de ADN de los animales individuales y factores ambientales. La identificación de estas variantes causales sería ventajosa para la predicción genómica, para comprender la fisiología y evolución de rasgos importantes y para la edición del genoma. Sin embargo, es difícil identificar estas variantes causales porque sus efectos son pequeños y están en desequilibrio de ligamiento con otras variantes de ADN. Sin embargo, debería ser posible identificar variantes causales probables para rasgos complejos al igual que lo hacemos para rasgos simples, siempre y cuando compensemos el tamaño del efecto pequeño con un tamaño de muestra más grande. En esta revisión consideramos ocho tipos de evidencia necesaria para identificar variantes causales. Muestras grandes y diversas de animales, genotipos precisos, múltiples fenotipos, anotación de sitios genómicos, comparaciones entre especies, comparaciones en todo el genoma, el papel fisiológico de genes candidatos y la mutación experimental del sitio genómico candidato.