El cruce de cerdos de diferentes razas puede producir descendencia con características económicas comparables o incluso mejores que las de sus padres. Sin embargo, los mecanismos genéticos y epigenéticos que subyacen a estas ventajas y su impacto en la expresión génica aún deben ser completamente elucidado. Por lo tanto, seleccionamos cerdos híbridos nacidos de cruces entre linajes europeos y chinos y realizamos un análisis de fase para rastrear el origen parental de variantes genéticas, incluyendo polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y variaciones estructurales (SVs), así como la expresión génica y modificaciones epigenéticas. Notablemente, encontramos que las variantes genéticas heredadas de diferentes linajes estaban significativamente asociadas con la expresión génica en fase y patrones de modificación de histonas. Al integrar estos resultados de asociación, inferimos posibles mecanismos regulatorios por las variantes genéticas específicas de linaje y que las modificaciones epigenéticas influyen en la expresión génica específica de linaje. Estos hallazgos también fueron respaldados por resultados de estudios de poblaciones más grandes. Este trabajo elucidó el profundo impacto de la variación genética heredada en los mecanismos regulatorios génicos en cerdos híbridos, ofreciendo una base teórica y orientación práctica para avanzar en la cría de cerdos a través de la selección molecular.