Análisis de interacción genoma-análisis de ambiente identifica nuevos variantes candidatas para rasgos de crecimiento en ganado vacuno
Autores: Deng, Tianyu; Li, Keanning; Du, Lili; Liang, Mang; Qian, Li; Xue, Qingqing; Qiu, Shiyuan; Xu, Lingyang; Zhang, Lupei; Gao, Xue; Lan, Xianyong; Li, Junya; Gao, Huijiang
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Análisis de interacción genoma-análisis de ambiente identifica nuevos variantes candidatas para rasgos de crecimiento en ganado vacuno
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Rasgos
Genes
Medio ambiente
Interacción genotipo-medio ambiente
Ganado
Crecimiento
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
Los rasgos complejos se consideran ampliamente el resultado de una regulación compuesta de genes, factores ambientales e interacción genotipo-por-ambiente (G x E). La inclusión de G x E en los análisis de asociación a nivel genómico es esencial para entender las adaptaciones ambientales de los animales y mejorar la eficiencia de las decisiones de cría. Aquí, investigamos sistemáticamente la G x E de los rasgos de crecimiento (incluyendo el peso al destete, el peso de un año, el peso corporal a los 18 meses y el peso corporal a los 24 meses) con factores ambientales (granja y temperatura) utilizando estudios de asociación de interacción genotipo-por-ambiente a nivel genómico (GWEIS) con un conjunto de datos de 1350 bovinos. Validamos la efectividad del estimador robusto en GWEIS y detectamos 29 SNPs independientes que interactúan con un umbral de significancia de 1.67 x 10, lo que indica que estos SNPs, que no muestran efectos principales en los estudios de asociación a nivel genómico tradicionales (GWAS), pueden tener efectos no aditivos entre genotipos pero son anulados por medios ambientales. El análisis basado en genes utilizando MAGMA identificó tres genes que se superponen con los resultados de GEWIS que exhiben G x E, a saber, , y . Además, los resultados de la exploración funcional en el análisis de conjuntos de genes revelaron los bio-mecanismos de cómo el crecimiento del ganado responde a los cambios ambientales, como la mitosis o la citocinesis, la beta-oxidación de ácidos grasos, la actividad de neurotransmisores, la unión de hendidura y la degradación de sulfato de queratán. Este estudio no solo revela nuevos loci genéticos y mecanismos subyacentes que influyen en los rasgos de crecimiento, sino que también transforma nuestra comprensión de la adaptación ambiental en el ganado de carne, allanando el camino para estrategias de cría más específicas y eficientes.
Descripción
Los rasgos complejos se consideran ampliamente el resultado de una regulación compuesta de genes, factores ambientales e interacción genotipo-por-ambiente (G x E). La inclusión de G x E en los análisis de asociación a nivel genómico es esencial para entender las adaptaciones ambientales de los animales y mejorar la eficiencia de las decisiones de cría. Aquí, investigamos sistemáticamente la G x E de los rasgos de crecimiento (incluyendo el peso al destete, el peso de un año, el peso corporal a los 18 meses y el peso corporal a los 24 meses) con factores ambientales (granja y temperatura) utilizando estudios de asociación de interacción genotipo-por-ambiente a nivel genómico (GWEIS) con un conjunto de datos de 1350 bovinos. Validamos la efectividad del estimador robusto en GWEIS y detectamos 29 SNPs independientes que interactúan con un umbral de significancia de 1.67 x 10, lo que indica que estos SNPs, que no muestran efectos principales en los estudios de asociación a nivel genómico tradicionales (GWAS), pueden tener efectos no aditivos entre genotipos pero son anulados por medios ambientales. El análisis basado en genes utilizando MAGMA identificó tres genes que se superponen con los resultados de GEWIS que exhiben G x E, a saber, , y . Además, los resultados de la exploración funcional en el análisis de conjuntos de genes revelaron los bio-mecanismos de cómo el crecimiento del ganado responde a los cambios ambientales, como la mitosis o la citocinesis, la beta-oxidación de ácidos grasos, la actividad de neurotransmisores, la unión de hendidura y la degradación de sulfato de queratán. Este estudio no solo revela nuevos loci genéticos y mecanismos subyacentes que influyen en los rasgos de crecimiento, sino que también transforma nuestra comprensión de la adaptación ambiental en el ganado de carne, allanando el camino para estrategias de cría más específicas y eficientes.