La secuenciación de alto rendimiento identificó variantes bipartitas y monopartitas distintas de begomovirus asociadas con satélites de ADN de plantas de tomate y melón en Arabia Saudita
Autores: AlHudaib, Khalid A.; Almaghasla, Mostafa I.; El-Ganainy, Sherif M.; Arshad, Muhammad; Drou, Nizar; Sattar, Muhammad N.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
La secuenciación de alto rendimiento identificó variantes bipartitas y monopartitas distintas de begomovirus asociadas con satélites de ADN de plantas de tomate y melón en Arabia Saudita
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Estudios
Prevalencia
Diversidad genética
Begomovirus
Arabia Saudita
Tomate
Melón
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Los estudios sobre la prevalencia y diversidad genética de los begomovirus en Arabia Saudita son mínimos. En este estudio, se recolectaron plantas de tomate y melón de campo con síntomas, y inicialmente se confirmó la infección por begomovirus mediante las secuencias de la proteína de la cubierta central. Cuatro plantas de tomate y dos de melón con infecciones virales fueron evaluadas para la secuenciación de Illumina MiSeq, y se obtuvieron doce secuencias (2.7-2.8 kb) equivalentes a los componentes de longitud completa DNA-A o DNA-B de los begomovirus, junto con ocho secuencias (~1.3-1.4 kb) equivalentes a los componentes de ADN satélite asociados a begomovirus. Cuatro secuencias de begomovirus obtenidas de plantas de tomate eran variantes del virus del rizado amarillo de la hoja del tomate (TYLCV) con identidades de secuencia de nt del 95.3-100%. Además, dos plantas de tomate mostraron una infección mixta de TYLCV y el virus del rizado de la hoja del algodón Gezira (CLCuGeV), el alfasatélite de arrugado amarillo de okra de Camerún (OYCrCMA) y el betasatélite de rizado de hoja de okra de Omán (OLCuOMB). Mientras tanto, de las plantas de melón, dos secuencias estaban estrechamente relacionadas (99-99.6%) con el ADN-A del virus del rizado de la hoja del tomate de Palampur (ToLCPalV), mientras que otras dos secuencias mostraron identidades de secuencia del 97.9-100% con el ADN-B de ToLCPalV, respectivamente. También se obtuvieron secuencias completas del genoma de CLCuGeV y de los ADN satélites asociados de estas plantas de melón. Las identidades de secuencia de nt de los aislados de CLCuGeV, OYCrCMA y OLCuOMB obtenidos fueron del 98.3-100%, 99.5-100% y 95.6-99.7% con sus respectivas variantes disponibles. La recombinación solo se detectó en los aislados de TYLCV y OLCuOMB. Hasta donde sabemos, esta es la primera identificación de una infección mixta de begomovirus bipartitos y monopartitos asociados con ADN satélites de tomate y melón en Arabia Saudita. Las variantes de begomovirus reportadas en este estudio se agruparon con aislados iraníes de los respectivos componentes de begomovirus en el dendrograma filogenético. Por lo tanto, la ruta agroecológica iraní puede ser una posible introducción de estos begomovirus y/o sus ADN satélites asociados en Arabia Saudita.
Descripción
Los estudios sobre la prevalencia y diversidad genética de los begomovirus en Arabia Saudita son mínimos. En este estudio, se recolectaron plantas de tomate y melón de campo con síntomas, y inicialmente se confirmó la infección por begomovirus mediante las secuencias de la proteína de la cubierta central. Cuatro plantas de tomate y dos de melón con infecciones virales fueron evaluadas para la secuenciación de Illumina MiSeq, y se obtuvieron doce secuencias (2.7-2.8 kb) equivalentes a los componentes de longitud completa DNA-A o DNA-B de los begomovirus, junto con ocho secuencias (~1.3-1.4 kb) equivalentes a los componentes de ADN satélite asociados a begomovirus. Cuatro secuencias de begomovirus obtenidas de plantas de tomate eran variantes del virus del rizado amarillo de la hoja del tomate (TYLCV) con identidades de secuencia de nt del 95.3-100%. Además, dos plantas de tomate mostraron una infección mixta de TYLCV y el virus del rizado de la hoja del algodón Gezira (CLCuGeV), el alfasatélite de arrugado amarillo de okra de Camerún (OYCrCMA) y el betasatélite de rizado de hoja de okra de Omán (OLCuOMB). Mientras tanto, de las plantas de melón, dos secuencias estaban estrechamente relacionadas (99-99.6%) con el ADN-A del virus del rizado de la hoja del tomate de Palampur (ToLCPalV), mientras que otras dos secuencias mostraron identidades de secuencia del 97.9-100% con el ADN-B de ToLCPalV, respectivamente. También se obtuvieron secuencias completas del genoma de CLCuGeV y de los ADN satélites asociados de estas plantas de melón. Las identidades de secuencia de nt de los aislados de CLCuGeV, OYCrCMA y OLCuOMB obtenidos fueron del 98.3-100%, 99.5-100% y 95.6-99.7% con sus respectivas variantes disponibles. La recombinación solo se detectó en los aislados de TYLCV y OLCuOMB. Hasta donde sabemos, esta es la primera identificación de una infección mixta de begomovirus bipartitos y monopartitos asociados con ADN satélites de tomate y melón en Arabia Saudita. Las variantes de begomovirus reportadas en este estudio se agruparon con aislados iraníes de los respectivos componentes de begomovirus en el dendrograma filogenético. Por lo tanto, la ruta agroecológica iraní puede ser una posible introducción de estos begomovirus y/o sus ADN satélites asociados en Arabia Saudita.