La variación en el número de copias (CNV) es una variación estructural importante utilizada para elucidar rasgos económicos complejos. En este estudio, secuenciamos 25 cerdos manchados de Wannan (WSP) para detectar sus CNVs e identificar sus firmas de selección en comparación con las de 10 jabalíes salvajes asiáticos. Se detectaron un total de 14,161 CNVs en los WSP, que representan el 0.72% del genoma porcino. Se utilizó el índice de fijación (Fst) para identificar las firmas de selección, y se seleccionaron 195 CNVs con el 1% superior del valor de Fst. Se identificaron ochenta genes en las regiones CNV seleccionadas. Los análisis funcionales de GO y KEGG revelaron que los genes dentro de estos CNVs seleccionados están asociados con rasgos clave como la reproducción, la composición de ácidos grasos, el sistema inmunológico, el tamaño de las orejas y la eficiencia alimentaria. Los hallazgos de este estudio contribuyen con nuevos conocimientos sobre los CNVs genéticos que subyacen a las características de los WSP y proporcionan información esencial para la protección y utilización de las poblaciones de WSP.