Desarrollo de un enfoque de tipificación de secuencias multilocus anidadas para una identificación altamente sensible y específica de subespecies directamente a partir de muestras de plantas
Autores: Cesbron, Sophie; Dupas, Enora; Beaurepère, Quentin; Briand, Martial; Montes-Borrego, Miguel; Velasco-Amo, Maria del Pilar; Landa, Blanca B.; Jacques, Marie-Agnès
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Desarrollo de un enfoque de tipificación de secuencias multilocus anidadas para una identificación altamente sensible y específica de subespecies directamente a partir de muestras de plantas
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Tipos de secuencias
Tipificación de Secuencia Multilocus directa
Muestras de ADN de plantas
Ensayo anidado de MLST
Loci de genes de mantenimiento de la casa
Alelos novedosos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 18
Citaciones: Sin citaciones
La tipificación de secuencias (ST) basada en la tipificación de secuencias de múltiples loci (MLST) directa de muestras de ADN de plantas es parcialmente eficiente. Con el fin de mejorar la sensibilidad de la identificación, desarrollamos un ensayo de MLST anidado directo en ADN extraído de plantas. Este método se realizó basado en un esquema ampliamente utilizado que apunta a siete loci de genes de mantenimiento de la casa (HKG). Las muestras analizadas incluyeron 49 especies de plantas y dos especies de insectos que fueron recolectadas en 2017 (106 muestras de plantas en Francia), en 2018 (162 muestras de plantas en Francia, 40 muestras de plantas y 26 muestras de insectos en España), y en 2019 (30 muestras de plantas en España). Con el enfoque anidado, un número significativamente mayor de muestras fueron amplificadas. El umbral se mejoró de 100 a 1000 veces en comparación con la PCR convencional. Utilizando el ensayo de MLST anidado, las plantas que aún no se consideraban hospedadoras dieron positivo y revelaron nuevos alelos en Francia, mientras que para las muestras españolas fue posible asignar la subespecie o ST a muestras consideradas como nuevos hospedadores en Europa. La tipificación directa por MLST anidado a partir de material vegetal tiene una sensibilidad aumentada y puede ser útil para fines epidemiológicos.
Descripción
La tipificación de secuencias (ST) basada en la tipificación de secuencias de múltiples loci (MLST) directa de muestras de ADN de plantas es parcialmente eficiente. Con el fin de mejorar la sensibilidad de la identificación, desarrollamos un ensayo de MLST anidado directo en ADN extraído de plantas. Este método se realizó basado en un esquema ampliamente utilizado que apunta a siete loci de genes de mantenimiento de la casa (HKG). Las muestras analizadas incluyeron 49 especies de plantas y dos especies de insectos que fueron recolectadas en 2017 (106 muestras de plantas en Francia), en 2018 (162 muestras de plantas en Francia, 40 muestras de plantas y 26 muestras de insectos en España), y en 2019 (30 muestras de plantas en España). Con el enfoque anidado, un número significativamente mayor de muestras fueron amplificadas. El umbral se mejoró de 100 a 1000 veces en comparación con la PCR convencional. Utilizando el ensayo de MLST anidado, las plantas que aún no se consideraban hospedadoras dieron positivo y revelaron nuevos alelos en Francia, mientras que para las muestras españolas fue posible asignar la subespecie o ST a muestras consideradas como nuevos hospedadores en Europa. La tipificación directa por MLST anidado a partir de material vegetal tiene una sensibilidad aumentada y puede ser útil para fines epidemiológicos.