Para investigar la arquitectura genética del número total de lechones nacidos, aplicamos dos métodos para evaluar datos genómicos: estudios de asociación del genoma completo (GWAS) y la identificación de firmas de selección. Hipotetizamos que los SNP identificados a partir de GWAS y las firmas de selección pueden considerarse variantes significativas que controlan los procesos reproductivos asociados con el total de nacidos. Nuestros resultados mostraron que los SNP significativos están involucrados en procesos fisiológicos clave durante el embarazo de la cerda. Están involucrados en el crecimiento y desarrollo folicular, el desarrollo embrionario temprano, la receptividad endometrial y la implantación, la placentación y el desarrollo embrionario, y están asociados con el riesgo de trastornos del neurodesarrollo y el desarrollo cerebral. Además, la selección dirigida para la eficiencia reproductiva conduce a cambios en los procesos metabólicos, que pueden estar vinculados al desarrollo de defectos, en particular, bultos en las patas de los cerdos.