La bacteriosis de la hoja de arroz (BLS) causada por pv. () amenaza seriamente la producción de arroz. Esta enfermedad puede ser controlada cultivando líneas con genes de resistencia apropiados. Para descubrir nuevos loci de resistencia, una población natural de 246 variedades de arroz índica secuenciadas fue inoculada en el campo, y su nivel de enfermedad fue evaluado. La estructura de la población, la distribución de fenotipos de resistencia y el efecto de combinaciones de genes de resistencia fueron analizados en un estudio de asociación a nivel genómico. Sobre la base de datos de polimorfismos de un solo nucleótido y fenotipos de enfermedad en la etapa de plántula, se identificaron siete loci de resistencia (, , , , , , y ) para determinar el haplotipo superior de los loci correspondientes, que mostraron una resistencia más fuerte al BLS. Se analizaron los efectos de combinar loci. A medida que aumentaba el número de haplotipos superiores, la resistencia al BLS tendía a aumentar, lo que indica que la resistencia al BLS puede mejorarse significativamente mediante la pirámide de múltiples loci de resistencia en germoplasma ideal. Este estudio proporciona nuevos loci de resistencia y recursos genéticos para la crianza de variedades de arroz resistentes al BLS. Estos recursos genéticos serán útiles para el mapeo fino de loci de resistencia, la clonación de genes y la crianza de variedades resistentes al BLS en investigaciones posteriores.