Después de la madurez, el vigor de las semillas disminuye de manera irreversible. Comprender el mecanismo subyacente es importante para la preservación del germoplasma. Los microARN (miARN) desempeñan roles regulatorios vitales en las plantas. Sin embargo, se sabe poco sobre cómo los miARN regulan el envejecimiento de las semillas. Aquí, las semillas de olmo (L.) de tres etapas de envejecimiento fueron sometidas a un análisis multi-óptico que incluye transcriptómica, pequeño RNAome y degradoma, para encontrar reguladores del envejecimiento de las semillas. En el pequeño RNAome, se identificaron 119 miARN, incluidos 111 miARN conservadores y ocho miARN novedosos específicos de las semillas de olmo, llamados upu-miRn1-8. Se identificaron un total de 4900 genes expresados diferencialmente, 22 miARN expresados diferencialmente y 528 pares de miARN y sus objetivos durante el envejecimiento de las semillas. Los genes objetivo estaban principalmente involucrados en el procesamiento de proteínas en el retículo endoplásmico, el metabolismo, la transducción de señales de hormonas vegetales y el espliceosoma. La expresión de varios DEGs y miARN se verificó mediante qRT-PCR. Los datos del degradoma mostraron los sitios exactos de degradación de upu-miR399a en , y upu-miR414a en , etc. El ensayo de dual-luciferasa verificó la regulación negativa de upu-miR399a en y upu-miR414a en hojas de tabaco. Este estudio delineó la red de regulación de mARN, miARN y genes objetivo de miARN durante el envejecimiento de las semillas, lo que es útil para integrar los mecanismos de regulación del vigor de las semillas a niveles transcripcional y post-transcripcional.