La deposición de grasa de los diferentes tejidos adiposos se reconoce ampliamente como correlacionada, con efectos distintos en las características de calidad de la carne y el rendimiento reproductivo en aves de corral. En este estudio, utilizamos análisis de lipidómica y transcriptómica para investigar la heterogeneidad y los reguladores de la grasa intramuscular (IMF), la grasa abdominal (AF) y la grasa subcutánea (SF) en gansos. El perfil lipídico reveló 165, 129 y 77 moléculas lipídicas diferenciales (DLMs) entre AF vs. IMF, SF vs. IMF y SF vs. AF, respectivamente, con 47 DLMs comunes identificados entre AF vs. IMF y SF vs. IMF. El análisis transcriptómico identificó 3369, 5758 y 131 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre AF vs. IMF, SF vs. IMF y SF vs. AF, respectivamente, con 2510 DEGs comunes identificados entre AF vs. IMF y SF vs. IMF. Los resultados de KEGG indican que los DLMs estaban predominantemente enriquecidos en las vías de metabolismo de glicerofosfolípidos y glicerolípidos, mientras que los DEGs estaban principalmente enriquecidos en vías metabólicas. El análisis de correlación de Pearson identificó , , , , y como factores potenciales que influyen en la deposición de grasa. Este estudio elucida la heterogeneidad y los factores regulatorios de los diferentes tejidos adiposos en gansos, ofreciendo nuevas perspectivas para mejoras específicas en la calidad de la carne de ganso y la eficiencia de producción.