La sandía (spp.) es un cultivo de importancia económica a nivel mundial, pero es susceptible a diversas enfermedades, incluyendo el oídio. Estudios previos han identificado factores genéticos asociados con la resistencia al oídio. Sin embargo, se necesita más investigación utilizando enfoques genéticos diversos para elucidar los mecanismos genéticos subyacentes de esta resistencia. En este estudio, se empleó una colección de germoplasma que comprende líneas endogámicas altamente homocigotas, lo que permitió la acumulación de datos consistentes y mejoró la fiabilidad de los hallazgos del estudio de asociación a nivel genómico (GWAS). Nuestra investigación identificó dos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) significativos, que estaban fuertemente asociados con la resistencia a la enfermedad. Además, se revelaron varios genes candidatos dentro de los bloques de desequilibrio de ligamiento (LD) que rodean los SNP significativos. En conclusión, la identificación de SNP significativos y sus efectos aditivos, combinada con el descubrimiento de genes candidatos relevantes, amplió nuestra comprensión de la base genética de la resistencia a enfermedades y puede allanar el camino para el desarrollo de cultivares de sandía más resilientes a través de la selección asistida por marcadores.