La eficiencia reproductiva en el ganado de carne sigue siendo un factor limitante para la productividad, particularmente en razas autóctonas gestionadas en condiciones extensivas, donde la selección fenotípica tradicional se ve obstaculizada por la baja heredabilidad y la fuerte influencia ambiental. Este estudio aborda el desafío de mejorar la fertilidad femenina en la raza Retinta española aplicando un estudio de asociación genómica de un solo paso ponderado (wssGWAS) que integra información de pedigrí, fenotípica y genómica. Utilizando un conjunto de datos completo de la historia reproductiva de 44,000 vacas (más de 215,000 registros de parto) e información genómica de 1,030 animales (65K), el análisis identificó múltiples regiones genómicas significativamente asociadas con rasgos clave de fertilidad, incluyendo la edad al primer parto (AFC), el intervalo entre el primer y segundo parto (IC12), el intervalo promedio entre partos (ACI) y la eficiencia reproductiva (RE). Notablemente, se detectaron varios genes candidatos involucrados en la función ovárica, la regulación del ciclo celular y la señalización hormonal, junto con una proporción sustancial de lncRNAs. Estos hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre la arquitectura genética de la fertilidad en sistemas de producción extensiva y ofrecen herramientas prácticas para mejorar la precisión de la selección. Al incorporar estos marcadores genómicos en los programas de cría, es posible acelerar el progreso genético, mejorar el rendimiento reproductivo y contribuir a la sostenibilidad a largo plazo de la raza Retinta.