El loto (Adans.) es una de las plantas acuáticas ornamentales de mayor relevancia económica. La arquitectura de la planta (AP) es un rasgo importante para la clasificación, cultivo, cría y aplicaciones del loto. Sin embargo, la base genética y molecular subyacente que controla la AP sigue siendo poco comprendida. En este estudio, se realizó un estudio de asociación para rasgos relacionados con la AP utilizando 93 marcadores microsatélites de todo el genoma (repetición de secuencia simple, SSR) y 51 marcadores de inserción-deleción (InDel) derivados de las regiones candidatas utilizando un panel de 293 accesiones de loto. El análisis de datos fenotípicos de los cinco rasgos relacionados con la AP reveló una amplia distribución normal y una alta heredabilidad de 2013 a 2016, lo que indicó que los rasgos relacionados con la AP del loto son rasgos altamente poligénicos. La estructura de la población (matriz Q) y los parentescos relativos (matriz K) de los paneles de asociación se analizaron utilizando 93 marcadores SSR. Se utilizó un modelo lineal mixto (MLM) que toma en cuenta la matriz Q y la matriz K para estimar la asociación entre los marcadores y los rasgos. Se identificaron un total de 26 marcadores y 65 asociaciones marcador-rasgo considerando asociaciones con < 0.001 y Q < 0.05. Basado en los marcadores significativos, se identificaron dos QTL en el cromosoma 1, y se determinaron preliminarmente dos genes candidatos. Los resultados de nuestro estudio proporcionaron información útil para la cría de loto con el objetivo de diferentes fenotipos de AP utilizando un método de selección asistida por moléculas (MAS) y también sentaron las bases para la ilustración del mecanismo molecular subyacente al QTL mayor y a los marcadores clave asociados con la AP del loto.