En este estudio, analizamos los loci de rasgos cuantitativos de expresión génica (eQTL) y los loci de rasgos cuantitativos de empalme (sQTL) en el músculo del lomo de cerdos. Utilizando datos genómicos y transcriptómicos de 582 muestras de músculo, identificamos miles de loci asociados con la expresión génica y el empalme, muchos de los cuales no se habían reportado anteriormente. Nuestros resultados destacan arquitecturas genómicas y mecanismos regulatorios distintos que subyacen a los eQTL y sQTL. A través del análisis de colocalización, identificamos el gen () como un fuerte candidato para influir en los rasgos de calidad de la carne debido a su papel en el metabolismo del glucógeno. Este trabajo proporciona un recurso valioso para descifrar la regulación genética en el músculo de cerdo y avanzar en estrategias para mejorar los rasgos de calidad de la carne.