El contenido de proteínas y azúcares son características importantes de calidad de las semillas en la soja porque mejoran el valor y la sostenibilidad de los productos alimenticios y de alimentación a base de soja. Por lo tanto, identificar los loci de rasgos cuantitativos (QTL) para el contenido de proteínas y azúcares en las semillas de soja puede beneficiar a los mejoradores de plantas y al mercado de la soja al acelerar el proceso de mejoramiento mediante la selección asistida por marcadores. Para este estudio, se desarrolló una población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) a partir de un cruce entre R08-3221 (alto en proteínas y bajo en sacarosa) y R07-2000 (alto en sacarosa y bajo en proteínas). Se tomaron datos fenotípicos para el contenido de proteínas de las generaciones F2:4 y F2:5. Se utilizaron el analizador NIR DA7250 y los instrumentos HPLC para analizar el contenido total de proteínas y sacarosa en las semillas. Los datos genotípicos se generaron mediante análisis a través del chip SoySNP6k. En total, se identificaron cuatro QTL en este estudio. Dos QTL para el contenido de proteínas se localizaron en los cromosomas 11 y 20, y dos QTL asociados con el contenido de sacarosa se localizaron en los cromosomas 14 y 11, este último co-localizado con los QTL detectados para proteínas, explicando el 10% de la variación fenotípica para el contenido de proteínas y sacarosa en las semillas de soja dentro de la población de estudio. Los programas de mejoramiento de soja pueden utilizar los resultados para mejorar la calidad de las semillas de soja.