El maní (Arachis hypogaea) es una gran fuente de proteínas vegetales para la dieta humana, ya que tiene un alto contenido de proteínas en el grano. Por lo tanto, el contenido de proteínas en las semillas (CPS) se considera un rasgo agronómico y de calidad importante en la mejora del maní. Sin embargo, se han identificado pocos loci genéticos subyacentes al CPS en el maní, y los mecanismos regulatorios subyacentes siguen siendo desconocidos, lo que limita la efectividad de la mejora para variedades de maní con alto CPS. En este estudio, se identificó un QTL mayor que controla el CPS del maní dentro de un intervalo de 2.3 Mb en el cromosoma B10 mediante QTL-seq utilizando una población de líneas recombinantes endogámicas derivadas de líneas parentales con altos y bajos CPS, respectivamente. Se realizaron comparaciones de secuencias, análisis transcriptómicos y análisis de anotación del locus. Se identificaron seis genes diferencialmente expresados con variaciones de secuencia entre los dos padres como genes candidatos subyacentes al QTL. Un análisis adicional de interacción del locus reveló que no podría afectar la acumulación de aceite en las semillas a menos que estuviera presente un alelo de alto contenido de aceite en las semillas (CAS) para un QTL mayor subyacente al CAS. En resumen, nuestro estudio proporciona una base para futuras investigaciones sobre la base genética de la acumulación de proteínas en las semillas y facilita la selección asistida por marcadores para desarrollar genotipos de maní con alto CPS.