Este estudio tuvo como objetivo identificar SNPs en las regiones de intrón, exón y UTR de los genes , , y , y investigar su posible asociación con la producción de leche y los rasgos de composición en el búfalo de agua de Bangladés. Se utilizaron un total de 150 muestras de ADN de búfalos de agua para la amplificación por PCR con cinco pares de cebadores, seguidas de estudios de asociación utilizando un modelo lineal generalizado en R. La genotipificación de SNP se realizó mediante secuenciación directa del respectivo amplicón. Los rasgos analizados incluyeron DMY, % de grasa, % de proteína y % de SNF. Este estudio identificó 8 SNPs en (g.7163G>A y g.7271C>T), (g.7809C>T y g.8525C>T) y (g.387642C>T, g.387758A>G, g.409354A>G y g.409452G>A). Las frecuencias genotípicas y alélicas difirieron significativamente para cada genotipo de SNP y no siguieron el principio de Hardy-Weinberg (0.01 o 0.001) en la mayoría de los casos. Los genotipos de SNP g.7163G>A y g.7271C>T del gen estaban significativamente asociados con el % de grasa de la leche, siendo este último también significativamente asociado con el % de SNF. El polimorfismo g.8525C>T del gen afectó significativamente el % de proteína (0.01). Además, los polimorfismos del gen mostraron asociaciones significativas: g.387642C>T con % de grasa (0.05); g.387758A>G y g.409354A>G con % de proteína (0.001) y % de SNF (0.01); y g.409452G>A con DMY (0.001), % de grasa (0.05) y % de proteína (0.01). Los haplotipos reconstruidos del gen estaban significativamente asociados (0.01) con todos los rasgos excepto % de SNF. Estos hallazgos sugieren que los polimorfismos en estos tres genes candidatos tienen el potencial de ser marcadores moleculares para mejorar la producción de leche y los rasgos de composición en el búfalo de agua de Bangladés.