Los caracteres morfológicos de las especies indígenas del sudeste asiático son muy similares, especialmente en sus estructuras florales. Las flores son simples, hermafroditas y carecen de perianto. Por lo tanto, muchas especies son difíciles de distinguir utilizando solo caracteres morfológicos. Aquí, aplicamos datos quimiométricos para la identificación y clasificación de especies, recopilados utilizando detección multiespectral combinada con el procedimiento de huellas dactilares de cromatografía en capa fina de alto rendimiento (HPTLC) y compuestos químicos determinados por cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS). Se investigaron catorce taxones utilizando extracciones de solventes de hexano, acetato de etilo y etanol. Se utilizaron análisis de componentes principales (PCA) y análisis de clúster jerárquico (HCA) con las huellas dactilares de la escala de colores para clasificar las especies. El PCA y el HCA utilizando el perfil de cromatograma de hexano dividieron los taxones en seis grupos en comparación con el perfil de acetato de etilo y etanol, que detectaron siete grupos cada uno. El cromatograma del conjunto de datos combinado de los tres solventes puede diferenciar todas las especies. Los datos de GC-MS detectaron un total de 40 compuestos del extracto de hexano, y estos diferían entre especies. Por lo tanto, este enfoque basado en la huella dactilar de HPTLC y el análisis de GC-MS puede utilizarse como una herramienta para estudios de autenticación e identificación de especies.