La rápida urbanización y sus actividades humanas asociadas han facilitado la colonización y propagación de especies no nativas, lo que hace que los ecosistemas urbanos, particularmente en megaciudades como Pekín, sean altamente susceptibles a invasiones biológicas. Este estudio empleó la metabarcoding de ADN ambiental (eDNA) para evaluar la biodiversidad y distribución geográfica de peces no nativos, así como sus interacciones con especies de peces nativos, en tres cuencas fluviales en Pekín relacionadas con el río Daqing, el Canal Norte y el Canal Ji. En los 67 sitios de muestreo, identificamos 60 taxones de peces, que representan 11 órdenes, 23 familias y 40 géneros, con un promedio de 33.0 taxones por sitio. De estos, 40 taxones eran nativos, representando solo el 47.1% de las especies de peces nativos registradas históricamente. Además, detectamos 20 taxones de peces no nativos, abarcando 11 órdenes, 13 familias y 17 géneros. Los peces nativos mostraron una homogeneización geográfica a través de las cuencas, mientras que los taxones no nativos exhibieron distribuciones geográficas variadas. El escalado multidimensional no métrico (NMDS) y el análisis de similitudes (ANOSIM) no revelaron variaciones significativas en las comunidades no nativas a través de las cuencas fluviales. Aunque la mayoría de los taxones no nativos eran ampliamente distribuidos, algunos estaban restringidos a sitios o cuencas específicas. El Canal Norte mostró una biodiversidad no nativa significativamente más baja en comparación con el Canal Ji en todos los índices de diversidad alfa. Los análisis de regresión lineal simple indicaron correlaciones positivas entre el número de taxones y la riqueza de especies tanto para taxones nativos como no nativos. Curiosamente, los análisis de coocurrencia de especies revelaron interacciones predominantemente positivas entre pares de especies nativas y no nativas, con solo dos relaciones negativas que involucraban un taxón nativo y dos taxones no nativos. Este estudio proporciona información sobre la biodiversidad y distribución geográfica de peces no nativos en Pekín y establece una línea base para futuros esfuerzos de biomonitoreo y conservación. Los hallazgos subrayan la necesidad de investigar más a fondo los mecanismos y dinámicas de las invasiones biológicas dentro de los entornos urbanos en Pekín.