Durante la década de 1970, las variedades locales de trigo duro de Túnez fueron reemplazadas progresivamente por cultivares modernos. Estas variedades locales son mantenidas hoy en día por agricultores pequeños en algunos nichos ecológicos y están amenazadas gradualmente por la extinción, lo que resulta en la reducción de la diversidad genética. Este estudio tiene como objetivo investigar los patrones de variabilidad fenotípica utilizando doce rasgos cuantitativos en un panel de 189 variedades locales de trigo duro y siete controles, basados en la atribución del nombre de la población de los agricultores y la estructura genética. Nuestros resultados mostraron una alta variabilidad fenotípica entre y dentro de las variedades locales y los controles para diez de los doce rasgos estudiados. El análisis de componentes principales mostró una agrupación similar utilizando la atribución del nombre de los agricultores y la estructura genética utilizando K = 6. Estos resultados confirmaron la identificación de un nuevo acervo genético en los oasis de Túnez, representado por la subpoblación Jenah Zarzoura y la robustez y altas relaciones entre la estructura fenotípica y genética a nivel de genoma utilizando el método DArTseq. Estos hallazgos mejorarán los esfuerzos de conservación de estas variedades locales y su uso en los esfuerzos de mejoramiento a nivel nacional e internacional para adaptarse a las condiciones secas.