Las disrupciones relacionadas con la aneuploidía son generalmente toleradas en plantas poliploides, que exhiben una mayor capacidad para la compensación genómica. En este estudio, utilizamos el alotetraploide como modelo y generamos tres variantes aneuploides (NC1, NC2 y NC8) para investigar las consecuencias fenotípicas y transcripcionales de la pérdida de cromosomas. Se observaron variaciones fenotípicas significativas, siendo la más notable un marcado fenotipo enano en los materiales aneuploides en comparación con el euploide Oro. El análisis transcriptómico reveló alteraciones generalizadas en la expresión génica a lo largo de todo el genoma en las variantes deficientes. Notablemente, la mayoría de los genes expresados diferencialmente (DEGs) se atribuyeron a efectos trans-actuantes resultantes de la eliminación de los cromosomas C. La eliminación de los cromosomas C indujo cambios en la expresión génica no solo en los cromosomas correspondientes, sino también en los genes afectados en otros cromosomas. Específicamente, en la variante con eliminación de C1, la expresión génica promedio del cromosoma A1 aumentó, mientras que el número de genes expresados en otros cromosomas disminuyó. En contraste, para las eliminaciones de C2 y C8, los niveles promedio de expresión de los genes homólogos disminuyeron, pero el número de genes expresados en otros cromosomas aumentó. Estos hallazgos arrojan luz sobre los complejos mecanismos compensatorios que subyacen a la aneuploidía en plantas poliploides y proporcionan valiosos conocimientos sobre cómo las plantas mantienen la estabilidad genómica a pesar de la pérdida cromosómica.