La enfermedad bakanae del arroz, o enfermedad de plántulas necias, es un patógeno bien conocido que infecta a los hospedadores de arroz. Varios estudios han caracterizado aislamientos recolectados de regiones geográficas distantes y dentro de áreas geográficas similares para la producción de metabolitos secundarios, la estructura poblacional y el análisis de diversidad, pero ninguno ha intentado caracterizar los aislamientos por virulencia en un conjunto diferencial de genotipos de arroz. Basado en la respuesta a la enfermedad, se seleccionó un conjunto de cinco genotipos de arroz con diferentes niveles de resistencia como un conjunto diferencial para una mayor caracterización del patógeno. Noventa y siete aislamientos recolectados de diferentes áreas de cultivo de arroz del país durante los años 2011 a 2020 fueron caracterizados y evaluados para la enfermedad bakanae. Se encontró que los genotipos de arroz PB1509 y C101A51 eran altamente susceptibles y altamente resistentes, respectivamente. Además, basado en la respuesta a la enfermedad, los aislamientos fueron agrupados en 15 patotipos. El patotipo 1, con el máximo de aislamientos (19), se observó como el más prevalente, seguido por los patotipos 2 y 3. El patotipo 8 fue clasificado como altamente virulento, ya que todos los genotipos eran susceptibles, excepto C101A51. Al comparar la distribución de patotipos en diferentes estados, se encontró que los patotipos 11 y 15 se originaron en el estado de Punjab. Se pudo establecer una correlación positiva entre seis grupos de patotipos y la expresión génica de genes relacionados con la virulencia como acetilxilano, exopolisigalacturanasa y pisatina desmetilasa. El presente estudio proporciona los perfiles de distribución de diferentes patotipos en los estados productores de Basmati de India, lo que será útil para el despliegue de estrategias de mejoramiento y la gestión de la enfermedad bakanae.