La baja temperatura (frío) y el estrés por congelación son un problema importante durante el crecimiento del trigo de invierno. La tolerancia a bajas temperaturas (LT) es un rasgo agronómico importante en el trigo de invierno y determina la capacidad de las plantas para hacer frente a temperaturas bajo cero; por lo tanto, el desarrollo de cultivares tolerantes al frío se ha convertido en un objetivo principal de la mejora en varias regiones del mundo. En este estudio, buscamos identificar loci de rasgos cuantitativos (QTL) utilizando marcadores moleculares relacionados con la tolerancia a la congelación en invierno. Se obtuvieron treinta y cuatro marcadores polimórficos entre 425 marcadores SSR para la población, incluidos 180 líneas endogámicas de trigo de la generación F, derivadas de cruces (Norstar x Zagros) después de probar con los padres. La LT se utiliza como un criterio de selección efectivo para identificar genotipos tolerantes a las heladas. La progenie de plantas individuales F se utilizó para evaluar LT50. Se identificaron varios QTL relacionados con el rendimiento del trigo, incluido el período de tiempo de espigado, el peso de 1000 semillas y el número de plantas sobrevivientes después de la invernada. El análisis de un solo marcador ilustró que cuatro marcadores SSR con un total del 25% de determinación de varianza fenotípica estaban vinculados a LT50. Los QTL relacionados se localizaron en los cromosomas 4A, 2B y 3B. Los QTL comunes identificados en dos temporadas de cultivo basados en rasgos agronómicos fueron dos QTL para el período de tiempo de espigado, un QTL para el peso de 1000 semillas y seis QTL para el número de plantas sobrevivientes después de la invernada. Los cuatro marcadores identificados vinculados a LT afectaron significativamente tanto a LT como a los rasgos relacionados con el rendimiento simultáneamente. Este es el primer informe que identifica un QTL de efecto mayor relacionado con la tolerancia a las heladas en el cromosoma 4A mediante el marcador XGWM160. Es posible que algunos QTL estén estrechamente relacionados con efectos pleiotrópicos que controlan dos o más rasgos simultáneamente, y esta característica puede utilizarse como un factor para seleccionar líneas resistentes a las heladas en programas de mejora vegetal.