El estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) es una herramienta poderosa para identificar variantes genómicas asociadas con rasgos complejos en el ganado lechero. Hasta ahora, casi todos los GWAS en ganado lechero se han centrado en la relación entre SNPs y rasgos de interés. Además de los GWAS basados en SNP, los GWAS basados en INDEL también son valiosos para capturar loci genéticos responsables de rasgos de interés que pueden no ser capturados por los GWAS basados en SNP. En este estudio, realizamos GWAS basados en SNP e INDEL para rasgos de producción de leche e identificamos los INDEL que estaban asociados de manera independiente con los rasgos y los genes relacionados con ellos. Nuestros hallazgos indican que los GWAS basados en INDEL podrían ser un complemento valioso a los GWAS basados en SNP para los rasgos de producción de leche.