La prolificidad es un rasgo económico crucial en las ovejas, que influye directamente en su productividad y eficiencia económica. Nuestro estudio tuvo como objetivo identificar loci de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociados con la prolificidad en ovejas que podrían ser utilizados en futuros programas de cría para mejorar la fertilidad. Obtuvimos genes candidatos asociados con la prolificidad en ovejas, incluyendo varios. Además, se identificaron nuevos genes candidatos asociados con la fecundidad, previamente no reportados en ovejas pero detectados en otras especies, que consisten en (vaca), (cabra) y (cerda). El análisis de vías reveló que estos genes estaban enriquecidos en vías relacionadas con el desarrollo embrionario uterino y varios procesos de desarrollo de órganos y esquelético. Es notable que también descubrimos algunas regiones novedosas con señales fuertes de selección que no habían sido descritas previamente. En general, este estudio contribuye a la identificación de mutaciones causales, regiones genómicas y genes que influyen en la prolificidad, ofreciendo información sobre la arquitectura genética de este rasgo en las ovejas.