Las investigaciones sobre ecotoxicidad de nanopartículas plásticas (NPs) deberían prestar más atención a su capacidad para atravesar barreras, acumularse e iniciar toxicidad en las células. El propósito de este estudio fue desarrollar una metodología simple de cromatografía de exclusión por tamaño (SEC) para medir NPs plásticas en tejidos biológicos. Se preparó una columna SEC utilizando un gel de alta resolución para macromoléculas grandes para separar NPs plásticas de los pools de proteínas/lípidos en los tejidos. Fue necesario preparar las muestras en alta sal y detergente no iónico (0.5 M NaCl y 0.2% Tween-20) y aplicar un tampón de elución que contenga 0.2% Tween-20 y 14 mM NaCl para limitar la adsorción de proteínas a las NPs. Esta metodología fue capaz de resolver NPs de poliestireno de 50 y 100 nm de los pools de proteínas/lípidos en homogenizados de tejido. El colorante fluorescente rojo neutro (NR) también se utilizó para NPs transparentes. Además, se propuso un paso de fraccionamiento de muestras para la concentración de NPs plásticas utilizando una metodología de salting-out con NaCl saturado (5 M) y acetonitrilo. Las NPs de poliestireno se particionan en acetonitrilo, que fueron analizadas posteriormente por SEC. Esta metodología se probó en dos estudios de caso con almejas recolectadas en un área de alto tráfico de barcos (puerto) y con mejillones de agua dulce enjaulados río abajo de una gran área urbana. Aunque la metodología presente fue desarrollada con NPs de poliestireno, debería ser aplicable a otros polímeros plásticos que reaccionen con la sonda fluorescente NR.