Existen dos combinaciones de mutaciones heterocigotas, es decir, que llevan mutaciones en diferentes alelos, y que llevan mutaciones en el mismo alelo. Dado que solo las mutaciones heterocigotas compuestas han sido implicadas en enfermedades autosómicas recesivas, es importante distinguirlas para el diagnóstico clínico. Sin embargo, el análisis de fase convencional es limitado debido al gran tamaño del objetivo del ADN genómico. Aquí, realizamos un análisis genético en un paciente con enfermedad de Wilson, y detectamos dos mutaciones heterocigotas chr13:51958362;G>GG (NM_000053.4:c.2304dup r.2304dup p.Met769HisfsTer26) y chr13:51964900;C>T (NM_000053.4:c.1841G>A r.1841g>a p.Gly614Asp) en el gen causante. La distancia entre las dos mutaciones fue de 6.5 kb en ADN genómico pero 464 bp en ARNm. Se realizó un análisis de fase basado en secuenciación de cDNA de doble cadena dirigido utilizando preparación de biblioteca por ligadura de adaptadores directos y secuenciación de extremos emparejados, y elucidamos que son mutaciones heterocigotas compuestas. El análisis trío mostró que la mutación (chr13:51964900;C>T) derivó del padre y la otra mutación de la madre, validando que las mutaciones son composición. Además, el análisis de fase basado en secuenciación de cDNA de doble cadena dirigido detectó la expresión alélica diferencial, sugiriendo que la mutación (chr13:51958362;G>GG) causó una regulación a la baja de la expresión por degradación de ARNm mediada por nonsense. Nuestros resultados indican que el análisis de fase basado en secuenciación de cDNA de doble cadena dirigido es útil para determinar mutaciones heterocigotas compuestas y proporciona información sobre la expresión alélica.