CiberAMP: Un paquete para identificar la expresión diferencial de mRNA vinculada a variaciones en el número de copias somáticas en conjuntos de datos de cáncer
Autores: Caloto, Rubén; Lorenzo-Martín, L. Francisco; Quesada, Víctor; Carracedo, Arkaitz; Bustelo, Xosé R.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
CiberAMP: Un paquete para identificar la expresión diferencial de mRNA vinculada a variaciones en el número de copias somáticas en conjuntos de datos de cáncer
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Variaciones en el número de copias somáticas
Alteraciones genéticas
Células cancerosas
Cambios en la expresión génica
Herramientas in silico
CiberAMP
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
Las variaciones en el número de copias somáticas (SCNVs) son alteraciones genéticas que se encuentran con frecuencia en las células cancerosas. Estas alteraciones genéticas pueden llevar a perturbaciones concomitantes en la expresión de los genes incluidos en ellas y, como resultado, promover una ventaja selectiva para las células cancerosas. Sin embargo, este no siempre es el caso. Debido a esto, es importante desarrollar herramientas in silico para facilitar la identificación precisa y el catalogado funcional de los cambios en la expresión génica asociados con los SCNVs a partir de datos de pan-cáncer. Aquí, presentamos una nueva herramienta codificada, designada como CiberAMP, que utiliza datos genómicos y transcriptómicos contenidos en el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) para identificar tales eventos. También incluye información sobre el contexto genómico en el que ocurren dichos SCNVs. Al hacerlo, CiberAMP proporciona pistas sobre la posible relevancia funcional de cada uno de los cambios en la expresión génica asociados con SCNVs encontrados en las muestras tumorales interrogadas. Las principales características y ventajas de este nuevo algoritmo se ilustran utilizando datos de glioblastoma de la base de datos TCGA.
Descripción
Las variaciones en el número de copias somáticas (SCNVs) son alteraciones genéticas que se encuentran con frecuencia en las células cancerosas. Estas alteraciones genéticas pueden llevar a perturbaciones concomitantes en la expresión de los genes incluidos en ellas y, como resultado, promover una ventaja selectiva para las células cancerosas. Sin embargo, este no siempre es el caso. Debido a esto, es importante desarrollar herramientas in silico para facilitar la identificación precisa y el catalogado funcional de los cambios en la expresión génica asociados con los SCNVs a partir de datos de pan-cáncer. Aquí, presentamos una nueva herramienta codificada, designada como CiberAMP, que utiliza datos genómicos y transcriptómicos contenidos en el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) para identificar tales eventos. También incluye información sobre el contexto genómico en el que ocurren dichos SCNVs. Al hacerlo, CiberAMP proporciona pistas sobre la posible relevancia funcional de cada uno de los cambios en la expresión génica asociados con SCNVs encontrados en las muestras tumorales interrogadas. Las principales características y ventajas de este nuevo algoritmo se ilustran utilizando datos de glioblastoma de la base de datos TCGA.