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CiberAMP: Un paquete para identificar la expresión diferencial de mRNA vinculada a variaciones en el número de copias somáticas en conjuntos de datos de cáncer

Autores: Caloto, Rubén; Lorenzo-Martín, L. Francisco; Quesada, Víctor; Carracedo, Arkaitz; Bustelo, Xosé R.

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2022

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Acceso abierto

Artículo científico
2022

CiberAMP: Un paquete para identificar la expresión diferencial de mRNA vinculada a variaciones en el número de copias somáticas en conjuntos de datos de cáncer


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Variaciones en el número de copias somáticas
Alteraciones genéticas
Células cancerosas
Cambios en la expresión génica
Herramientas in silico
CiberAMP

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 16

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Las variaciones en el número de copias somáticas (SCNVs) son alteraciones genéticas que se encuentran con frecuencia en las células cancerosas. Estas alteraciones genéticas pueden llevar a perturbaciones concomitantes en la expresión de los genes incluidos en ellas y, como resultado, promover una ventaja selectiva para las células cancerosas. Sin embargo, este no siempre es el caso. Debido a esto, es importante desarrollar herramientas in silico para facilitar la identificación precisa y el catalogado funcional de los cambios en la expresión génica asociados con los SCNVs a partir de datos de pan-cáncer. Aquí, presentamos una nueva herramienta codificada, designada como CiberAMP, que utiliza datos genómicos y transcriptómicos contenidos en el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) para identificar tales eventos. También incluye información sobre el contexto genómico en el que ocurren dichos SCNVs. Al hacerlo, CiberAMP proporciona pistas sobre la posible relevancia funcional de cada uno de los cambios en la expresión génica asociados con SCNVs encontrados en las muestras tumorales interrogadas. Las principales características y ventajas de este nuevo algoritmo se ilustran utilizando datos de glioblastoma de la base de datos TCGA.

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