Identificación de Módulos de Biomarcadores Basados en la Supervivencia Asociados con el Carcinoma de Células Escamosas Oral (OSCC)
Autores: Singh, Prithvi; Rai, Arpita; Verma, Amit Kumar; Alsahli, Mohammed A.; Rahmani, Arshad Husain; Almatroodi, Saleh A.; Alrumaihi, Faris; Dev, Kapil; Sinha, Anuradha; Sankhwar, Shweta; Dohare, Ravins
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Identificación de Módulos de Biomarcadores Basados en la Supervivencia Asociados con el Carcinoma de Células Escamosas Oral (OSCC)
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello
Carcinoma de células escamosas orales
Tasa de mortalidad
Genes impulsores
Red de PPI
Genes clave
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 15
Citaciones: Sin citaciones
El carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (HNSC) es uno de los tumores malignos más comunes en todo el mundo, con una alta tasa de morbilidad y mortalidad, siendo el 90% de las predilecciones para el carcinoma de células escamosas oral (OSCC). Los cánceres de la boca representan el 40% de los cánceres de cabeza y cuello, incluidos los carcinomas de células escamosas de la lengua, el suelo de la boca, la mucosa bucal, los labios, el paladar duro y blando, y las encías. El OSCC es la malignidad oral más devastadora y común, con una tasa de mortalidad de 500,000 muertes al año. Esto ha impuesto una fuerte necesidad de descubrir genes impulsores responsables de su progresión y malignidad. En el presente estudio, filtramos muestras de tejido de carcinoma de células escamosas oral del cohorte TCGA-HNSC, seguido de la construcción de una red PPI ponderada basada en la supervivencia de los pacientes y los perfiles de expresión de las muestras recolectadas de ellos. Encontramos un total de 46 módulos, con 18 módulos que tenían más de cinco conexiones. Los análisis KM y ME revelaron un único módulo (con 12 genes) como significativo en los conjuntos de datos de entrenamiento y prueba. Los genes de este módulo significativo fueron sometidos a un análisis de enriquecimiento de vías para la identificación de vías significativas y genes involucrados. Finalmente, los genes superpuestos entre los conjuntos de genes clasificados en función de las centralidades del módulo PPI ponderado (es decir, grado y vector propio), los genes de vías significativas y los DEGs de un conjunto de datos de microarreglo de OSCC se consideraron como genes centrales específicos de OSCC. Estos genes centrales fueron validados clínicamente utilizando las imágenes IHC disponibles en la base de datos Human Protein Atlas (HPA).
Descripción
El carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (HNSC) es uno de los tumores malignos más comunes en todo el mundo, con una alta tasa de morbilidad y mortalidad, siendo el 90% de las predilecciones para el carcinoma de células escamosas oral (OSCC). Los cánceres de la boca representan el 40% de los cánceres de cabeza y cuello, incluidos los carcinomas de células escamosas de la lengua, el suelo de la boca, la mucosa bucal, los labios, el paladar duro y blando, y las encías. El OSCC es la malignidad oral más devastadora y común, con una tasa de mortalidad de 500,000 muertes al año. Esto ha impuesto una fuerte necesidad de descubrir genes impulsores responsables de su progresión y malignidad. En el presente estudio, filtramos muestras de tejido de carcinoma de células escamosas oral del cohorte TCGA-HNSC, seguido de la construcción de una red PPI ponderada basada en la supervivencia de los pacientes y los perfiles de expresión de las muestras recolectadas de ellos. Encontramos un total de 46 módulos, con 18 módulos que tenían más de cinco conexiones. Los análisis KM y ME revelaron un único módulo (con 12 genes) como significativo en los conjuntos de datos de entrenamiento y prueba. Los genes de este módulo significativo fueron sometidos a un análisis de enriquecimiento de vías para la identificación de vías significativas y genes involucrados. Finalmente, los genes superpuestos entre los conjuntos de genes clasificados en función de las centralidades del módulo PPI ponderado (es decir, grado y vector propio), los genes de vías significativas y los DEGs de un conjunto de datos de microarreglo de OSCC se consideraron como genes centrales específicos de OSCC. Estos genes centrales fueron validados clínicamente utilizando las imágenes IHC disponibles en la base de datos Human Protein Atlas (HPA).