Las propiedades farmacológicas de las plantas residen en el contenido de metabolitos secundarios que se clasifican en diferentes categorías según su biosíntesis, estructuras y funciones. Los microARN (miARN) son pequeñas moléculas de ARN no codificantes que desempeñan roles regulatorios post-transcripcionales cruciales en las plantas, incluyendo el desarrollo y la señalización de respuesta al estrés; sin embargo, la información sobre su participación en el metabolismo secundario sigue siendo limitada. El comino es una de las semillas más populares de la planta, con amplias aplicaciones en la medicina herbal y la cocina; no obstante, no hay estudios previos que se centren en el perfil de miARN del comino. En este estudio, se determinó el perfil de miARN y su asociación con la biosíntesis de metabolitos secundarios utilizando tecnología NGS. Los datos de secuenciación arrojaron 10,956,054 lecturas distintas con longitudes que varían de 16 a 40 nt, de las cuales se encontraron 349 miARN conservados y 39 miARN novedosos. Además, este trabajo identificó 1959 genes objetivo potenciales para los miARN. Es interesante notar que varios miARN conservados y novedosos han demostrado dirigirse específicamente a importantes enzimas de las vías de la columna vertebral de terpenoides, biosíntesis de flavonoides y lípidos/ácidos grasos. Creemos que esta investigación ayudará a esclarecer las implicaciones de los miARN en el metabolismo secundario de las plantas.