El patógeno bacteriano Gram-negativo ubicuo puede causar fácilmente reacciones inflamatorias en organismos acuáticos, lo que resulta en alta mortalidad y enormes pérdidas económicas. Los microARN (miARN) participan en la regulación inmune y tienen ciertas propiedades conservadas. Los miARN están involucrados en las respuestas inmunitarias de una variedad de peces teleósteos infectados con bacterias, mientras que no hay informes relacionados en la carpa plateada. Por lo tanto, identificamos los perfiles de expresión de miARN en carpas plateadas estimuladas por y LPS. Entre ellos, la cantidad de miARN diferencialmente expresados (DEmiARN) obtenidos en el grupo de desafío de carpa plateada fue de 73 y 90 (LPS). El enriquecimiento de GO y el análisis de las vías de KEGG han mostrado que los genes objetivo predichos están principalmente asociados con el metabolismo de lípidos y la respuesta inmune en la carpa plateada. Esto indica la posibilidad de que los miARN desempeñen un papel en la regulación de vías relacionadas con la inmunidad. Además, un total de ocho DEmiARN validaron la precisión del resultado de la secuenciación a través de PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR). Finalmente, seleccionamos las células macrófagas del riñón cefálico de carpa plateada (HKCs) como células modelo y demostramos que miR-30b-5p puede regular la respuesta inflamatoria en HKCs de carpa plateada. Este estudio sienta las bases para explorar la regulación de miARN en carpas plateadas durante la infección bacteriana patógena. Además, proporciona una referencia para el futuro desarrollo de fármacos antibacterianos de ARN no codificante.