La chufa (L.) es reconocida por su alto contenido de aceite y ácido oleico en los tubérculos subterráneos. Sin embargo, los mecanismos moleculares que rigen el crecimiento, desarrollo y acumulación de ácidos grasos en estos tubérculos no se comprenden bien. Este estudio empleó cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) y secuenciación de pequeños ARN en tubérculos de chufa a través de cinco etapas de desarrollo. Los hallazgos indican que el período crítico para acumular materia seca y aceites, particularmente ácido oleico, ocurre entre 35 y 75 días después de la formación del tubérculo. Se identificaron un total de 183 microARN (miARN), que comprenden 31 miARN conocidos y 152 miARN nuevos. Aproximadamente la mitad de estos miARN (como ces-miR156b-3p y ces-miR166a-3p) mostraron expresión diferencial durante y alrededor de los períodos clave de síntesis de metabolitos. Los genes objetivo predichos de estos miARN estaban significativamente enriquecidos en el metabolismo de glicerato 3-fosfato y procesos de crecimiento celular. Además, se identificaron 13 módulos de interacción miARN-mARN relacionados con la acumulación de aceite y el crecimiento del tubérculo, y los niveles de expresión de estos genes objetivo mostraron diferencias significativas durante las etapas de desarrollo del tubérculo. Estos hallazgos avanzan en la comprensión de los mecanismos moleculares subyacentes al desarrollo del tubérculo y la acumulación de aceite en la chufa.