La smoltificación óptima es crucial para el desarrollo normal, el crecimiento y la salud del salmón atlántico cultivado en agua de mar. Aquí, caracterizamos la expresión de miARN en el hígado para revelar si los miARN regulan la expresión génica durante esta transición de desarrollo. Los cambios en la expresión de miARN y mARN se estudiaron mediante secuenciación de pequeños ARN y análisis de microarreglos, respectivamente. Esto reveló 62 miARN guía diferencialmente expresados (gDE-miARN) que se pudieron dividir en tres grupos con patrones de expresión dinámica característicos. Tres de las familias de miARN son conocidas por estar altamente expresadas en el hígado. Se observó un raro cambio de brazo durante la smoltificación en el novel-ssa-miR-16 específico del salmón atlántico. Se predijo que los gDE-miARN dirigían 2804 de los genes, revelando cambios en la expresión en el análisis de microarreglos. El análisis de enriquecimiento reveló que los objetivos estaban significativamente enriquecidos en grupos de procesos biológicos asociados con la smoltificación. Estos incluían la síntesis de lípidos y colesterol, el metabolismo de carbohidratos, el metabolismo de proteínas y el transporte de proteínas, genes del sistema inmunológico, ritmo circadiano y respuesta al estrés. Los resultados indican que los gDE-miARN pueden regular muchos de los cambios asociados con esta transición de desarrollo en el hígado. Los resultados allanan el camino para la validación de los genes objetivo predichos y el estudio adicional de gDE-miARN y sus objetivos mediante ensayos funcionales.