El contenido de grasa intramuscular (IMF), una de las características más importantes de la canal en el ganado vacuno, está controlado por factores regulatorios complejos. En la actualidad, los mecanismos moleculares involucrados en la regulación del IMF y el metabolismo de grasas en el ganado vacuno no se comprenden bien. Nuestro objetivo fue integrar análisis transcriptómicos comparativos y de redes de ARN endógeno competidor (ceRNA) para identificar ARN mensajeros (mRNAs) candidatos y ARN regulatorios involucrados en la regulación molecular del tejido del músculo longissimus dorsi (LDM) para el IMF y el metabolismo de grasas de 5 razas de ganado vacuno (Angus, Simmental chino, Luxi, Nanyang y Shandong Black). En total, se identificaron 34 circARNs, 57 lncARNs, 15 miARNs y 374 mARNs mediante la integración de análisis de enriquecimiento de ontología genética (GO) y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Además, se detectaron 7 subredes clave con 16 circARNs, 43 lncARNs, 7 miARNs y 237 mARNs a través de análisis de agrupamiento, mientras que el análisis de enriquecimiento de GO de los ARN identificados reveló 48, 13 y 28 términos de GO significativamente enriquecidos relacionados con el IMF en las categorías de proceso biológico, función molecular y componente celular, respectivamente. Las principales vías de señalización metabólica asociadas con el IMF y el metabolismo de grasas que se enriquecieron incluyeron vías de señalización metabólica, de calcio, cGMP-PKG, de hormonas tiroideas y de oxitocina. Además, genes comunes entre los 10 grupos comparativos se definieron como importantes genes marcadores candidatos para el metabolismo de grasas en el ganado vacuno. Las contribuciones de los perfiles transcriptómicos de varias razas de ganado vacuno y una red reguladora de ARN endógeno competidor (ceRNA) subyacente a las diferencias fenotípicas en el IMF proporcionaron nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares asociados con la calidad de la carne.