Los estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) permiten inferencias sobre las relaciones entre variantes genómicas y rasgos fenotípicos en poblaciones naturales o de cría. Sin embargo, pocos han utilizado esta metodología en . Nuestro objetivo fue identificar regiones cromosómicas con asociaciones significativas entre marcadores SNP y rasgos agronómicos en . Utilizamos un panel de café compuesto por 195 plantas derivadas de 13 familias en generaciones F2 y retrocruces de cruces entre genotipos susceptibles y resistentes a la roya de las hojas. Las plantas fueron fenotipadas para 18 marcadores agronómicos y genotipadas para 21,211 marcadores SNP. Un GWAS permitió la identificación de 110 SNPs con asociaciones significativas (< 0.05) para varios rasgos agronómicos en: altura de planta, longitud de rama plagiotrópica, número de nudos vegetativos, diámetro del dosel, tamaño del fruto, incidencia de cercosporiosis e incidencia de roya. Se analizaron los efectos de cada marcador SNP asociado con los rasgos, de modo que puedan ser utilizados para la selección asistida por marcadores moleculares. Por primera vez, se utilizó un GWAS para estos importantes rasgos agronómicos en , lo que permite aplicaciones en la mejora acelerada del café a través de la selección asistida por marcadores y garantiza una mayor eficiencia y reducción de tiempo. Además, nuestros hallazgos proporcionan conocimientos preliminares para confirmar más adelante los loci genómicos y los posibles genes candidatos que contribuyen a varios rasgos estructurales y relacionados con enfermedades de .