Los búfalos domésticos, conocidos como búfalos de agua, desempeñan un papel clave como animales agrícolas versátiles y multipropósito en la región asiática. Pakistán, con la segunda población de búfalos más grande del mundo, tiene una rica historia de domesticación de búfalos. Las tendencias generales en la producción de búfalos exigen la caracterización genómica de las razas de búfalos paquistaníes. Con este fin, se recuperaron los datos de resecuenciación de razas paquistaníes, junto con razas de búfalos de otros 13 países, de nuestro estudio anterior. Este conjunto de datos, que contenía 34,671,886 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), se analizó a través de un pipeline que se desarrolló para comparar posibles diferencias alélicas entre razas en cada posición de SNP. En contraste, otras herramientas disponibles solo verifican las diferencias de SNP posicionales para marcadores específicos de raza. En total, se identificaron 1918, 1549, 404 y 341 marcadores específicos de raza para caracterizar las razas Nili, Nili-Ravi, Azakheli y Kundi de búfalos paquistaníes, respectivamente. Suficientes evidencias en forma de datos fenotípicos, análisis de componentes principales, análisis de mezcla y análisis de ligadura mostraron que la raza Nili ha mantenido su estatus de raza distinta a pesar de compartir una estrecha relación evolutiva con la raza Nili-Ravi de búfalos. En esta era de la ciencia genómica, la conservación de estas razas y la validación adicional de los marcadores de selección dados en poblaciones más grandes es una necesidad urgente.