La tecnología de preservación de semen congelado es una tecnología clave en la inseminación artificial de ganado y aves de corral y tiene una gran importancia en el desarrollo de la ganadería moderna. Sin embargo, es bien conocido que la capacidad de congelación del esperma de los verracos varía de un individuo a otro. Por lo tanto, la identificación de marcadores moleculares asociados con la tolerancia a la congelación representa un enfoque prometedor para seleccionar de manera eficiente verracos con características superiores de congelación de esperma. En este estudio, se midió la tasa de recuperación de esperma de 165 cerdos Duroc como un rasgo de tolerancia a la congelación para el análisis de asociación a nivel genómico. A través de esta investigación, identificamos ocho loci SNP y cuatro genes candidatos que estaban significativamente asociados con la tolerancia a la congelación del esperma. Además, determinamos los genotipos dominantes de cuatro SNP, que pueden ser utilizados potencialmente para identificar verracos Duroc con alta tolerancia a la congelación del esperma. Nuestro estudio proporciona referencias y perspectivas sobre los marcadores moleculares detrás de las diferencias en la capacidad de congelación del esperma de los verracos y contribuye al avance de la tecnología de criopreservación de semen.